此后，杨复恭和昭宗的矛盾逐渐公开化了。杨复恭写信给他在各地的干儿子们，让他们拥兵自立，不给朝廷进贡。昭宗也毫不示弱，于大顺二年（891年），
夺了杨复恭的兵权，转而派他到凤翔去做监军。杨复恭针锋相对，留在长安拒不上任，同时，上奏要求回家养老，
以此对昭宗进行要挟。昭宗也不吃他这一套，当即同意了他的请求，免去了他的官职，只给他留了一个上将军的空闲职位
。杨复恭看到偷鸡不成反蚀了把米，恼羞成怒，派人将宣布皇帝旨意的使臣杀死于归朝途中，然后自己逃到商山隐居。
不久，他又回到长安昭化坊的官邸，其官邸距离玉山军营很近，他的干儿子杨守信是玉山军使，经常到他家中探望。
杨复恭还给他的侄子兴元节度使杨守亮写信，指示杨守亮要“积粟练兵，不要进奉”，公开和昭宗抗衡。
这时候，有人向昭宗密报杨复恭同杨守信合谋造反。昭宗正在等待最有利的时机，于是他乘机把以往搜集到的杨复恭的罪证连同谋反的消息一同公布，
派杨守立等人带兵前去逮捕杨复恭。杨复恭令其家人抗拒官兵，杨守信也带兵前来助战，双方发生大战，打了一天一夜。
这时，守卫城门的禁军想趁乱打劫，昭宗命令宰相刘崇望率军守护财物，
防止有人抢劫。刘崇望看到禁军想要动手，斥责道：“皇帝正在亲自督战，你们都是皇帝的宿卫之士，应当前去杀贼立功，
而不是趁火打劫。”众军士都表示愿意听命。跟着刘崇望前去助战。杨复恭看到刘崇望带兵增援，自料难以继续对抗，
于是带领全家出逃，直奔兴元。杨复恭到达兴元后，纠集兵力，向朝廷开战。昭宗也借助各地节度使的力量与之对抗。经过一年多的战斗，杨复恭的军队被李茂贞打败。
最终，杨复恭在逃亡途中被捉，当即被斩。
杨复恭出逃后，杨守立也失去了利用价值。昭宗命令两军中尉对他予以铲除。
两军中尉以昭宗的名义诏他入宫觐见，杨守立带了三百士兵来到宫门，宫门侍卫拦住随行军士，只让他一人进宫。杨守立一进宫，即被埋伏的士兵所杀。
杨复恭的事情刚刚摆平。新的危险又来了。此时的李茂贞已经被加封为陇西郡王，势力有了更大的发展，
他开始插手朝廷大事，有了当皇帝的意思。景福二年（893年）七月，李茂贞在一封写给昭宗的信中嘲笑朝廷软弱可欺，信的结尾就是那句名言，“未审乘舆播越，自此何之！”。
唐昭宗勃然暴怒，与宰相杜让能商议怎么惩罚李茂贞。杜让能却进谏道：“陛下初登大宝，国难未平，茂贞近在国门，
不宜与他构怨，万一不克，后悔难追。”昭宗大骂杜让能：“王室日卑。号令不出国门，这正志士愤痛的时候，