这个时候，眼看着胜利将近，僖宗集团又加了把火，由杨复恭传檄关中，“有得朱玫首级者，
以靖难节度使赏之。”朱玫手下大将王行瑜屡战屡败，本来已经对前途十分的灰心了，这时听到这个消息，精神顿时为之一振，
忙召集手下道：“咱们打了败仗，回去也是个死，还不如先赶回去把朱玫弄死，再将皇上迎回长安，这样不但能免了死罪，还能闹个靖难节度使当当，这不挺好个事儿嘛！”
大伙儿听了都很高兴，连声夸王行瑜聪明，事情就这样定下来了，王行瑜领着大军回到长安。
朱玫一向专权行事，见王行瑜擅自带着军队回来了，顿时勃然大怒，喝道：“未得诏命擅自回京，难道要造反不成？”
王行瑜冷笑道：“我不造反，这次回来是专为诛杀反贼。”说着一摆手，还没等朱玫反应过来，已命人将朱玫擒下，随即斩首示众，
又尽杀其党羽数百人。伪相郑昌图、裴澈等人见势不好，忙带着二百余朝官拥着李熅逃往河中投靠王重荣。王重荣也不客气，
先是连哄带骗地把这帮人让进了城，之后立刻把脸落下，当场将李熅斩首，又半杀这些朝官，然后传首、献俘至僖宗兴元行在。
僖宗十分高兴，论功行赏，封李茂贞为武定节度使，王行瑜为靖难节度使。
又下诏剥夺了逃往西川的田令孜所有官爵，流放端州，但田令孜在他哥哥陈敬瑄的地盘上，
这道旨意当然不可能成行。光启三年三月，僖宗从兴元行至凤翔，又诏斩伪相萧遘、郑昌图、裴澈。
其实这里面萧遘并未受其封册。但也被杀害，主要原因是僖宗怨恨他在自己逃难时没有奉诏的缘故。
事情到了这个时候，好像是告一段落了，没成想凤翔节度使李昌符因为前一阵儿曾跟朱玫一起派兵追杀过僖宗，
生怕僖宗回到长安后找他算后账，就以京城宫室残破为名。要僖宗留在凤翔。
僖宗也不敢得罪他，就只好先留了下来。没想到这一住下，又生出许多事来，这一点稍后再说。
这一场大乱产生的后果是显而易见的。首先僖宗作为国内政治偶像的地位更加弱化，
只能形同傀儡一般任人摆布。而原来代表着中央最高权力机关的宦官集团，
虽然从表面上看，在田令孜倒台后，其领袖地位由杨复恭替代，仍然能够控制中央。但不可否认的是，
作为中央权力代表的宦官集团在国内的政治地位已经大幅度下降，特别是对地方藩镇势力的约束能力已经荡然无存，
甚至在面对像李昌符这样弱小藩镇的刁难都无力反抗，这也标志着唐朝末年中央机关在同地方藩镇的权利斗争中彻底败下阵来。