当时，淮南、忠武、宣武、义成、天平五节度使已经对起义军形成了合围之势，假以时日，就可以收缩包围圈，将起义军彻底剿杀。
为了不让官军包了饺子，起义军开始进攻沂州。在忻州被天平节度使宋威击败，然后起义军转战河南，攻占阳翟、郏城、汝州。
在攻打郑州受挫后，起义军南下进攻申、光、庐、寿、舒、通等州。在蕲州，王仙芝鬼迷心窍，想要投降，被黄巢打了一顿后，二人分道扬镳。接着黄巢北上攻陷郓州，并又一次攻陷沂州。
然后黄巢再次赶赴嵖岈山，汇合王仙芝的部将尚让，二人合兵一处攻打宋州。失败后双方再次分裂，黄巢率军转战蕲、黄一带，失利后再次北返中原，攻下匡城、濮州，然后继续南下进攻毫州。
此时，王仙芝在黄梅兵败被杀，黄巢便成了起义军里的龙头老大，黄巢率军北上再次攻破沂州、濮州，然后想要进兵襄邑、雍丘，受阻，转而进攻东都，再次受阻，于是率军进攻汴、宋二州，接着转攻卫南、叶、阳翟等地。
黄巢见河南官军势力强大，便挥军南下，转战湖南，接连攻下虔、吉、饶、信等州。
进攻宣州时，被打败，于是进入浙东，经婺州至衢州，披荆斩棘，开山路七百里，攻入福建。
在福州，起义军受到高骈袭击，然后南下进入广南。并攻入广州，黄巢本想把广州发展成他的巢穴，无奈天不遂意。当时广州城瘟疫肆虐，起义军死了一小半军队。于是黄巢再次率军北上，攻取桂、永、衡、潭等州。
攻取襄阳时，失败，于是渡江进攻鄂州、然后转战饶、信、池、宣、歙、杭等州，遇到唐军，失利。退守饶州，再败，然后退守信州。
信州瘟疫肆虐。军队元气大伤，黄巢便假义投降，等元气恢复后，黄巢率军打败淮南兵。攻占睦州、婺州。然后北渡长江，围攻天长、**，再北渡淮河，进入颍、宋、徐、兖、汝等州。
接着攻下洛阳，向关中挺进，并陆续攻下虢州、潼关、华州，最后亲率大军直逼长安。
880年十二月五日，唐僖宗丢下老婆孩子。在神策军的护卫下，仓皇出逃。老婆可以再找。孩子可以再生，小命丢了就无法再续了，僖宗是这么想的。当天下午，黄巢的前锋在几乎没有遇到任何抵抗的情况下顺利进入帝都长安。
这一天，身披土豪金战甲的黄巢，在士兵的簇拥下，进入长安，实现了冲天香阵透长安，满城尽带黄金甲的夙愿。
黄巢来了，长安百姓拉着条幅热烈庆贺，就差弄个文工团高喊欢迎欢迎，热烈欢迎了。
当然，这个时候，黄巢的军队也还是人民的军队，不仅秋毫无犯，还主动拿出军粮分发给穷苦百姓。黄巢发出告示：黄王起兵，本为百姓，非如李氏不爱汝曹，汝曹但安居无恐。