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进入永兴六年，崇国公受九锡之赏，承天命而开府，出领枢密院，正式揭开崇国公府掌握天下军政的格局；甚至有士子上书谏改元公府。
林缚终是没有厚颜无耳的强迫永兴帝更改纪元年号，但公府治政之事，便波澜不惊的闯入淮水以南地区军民的生活之中，江淮诸府也越来越适应只闻枢密院令、未见圣旨的日子。
虽说各地府县名义上还直接受中枢六部统辖，政事堂及六部九寺卿依旧存在，但在府县之上、中枢之下的“使臣”，即郡一级军政官员，则正式由枢密院派遣。
年后到春三月，林缚着手调整中枢及地方的军政关系。
于二月，正式将军情司从枢密院独立出来，设立军事参谋部，受国公府直辖，下辖作战、军情、军务、战训、测绘及地方兵备诸司，使秦承祖、高宗庭出任左右参谋总长，正式成为贯彻及执行国公府命令及指示的军事指挥机构，指挥部署诸行营、诸军、诸独立镇师及地方兵备的作战行动。
在地方改行营总管、行营军统制为都指挥使，与军指挥使平级，皆加参知军事衔，有列席军事参谋部决策会议的权力，勉强军事参谋部的权力过于集中于参谋总长之手。
在行营、行营军及军一级设军事参谋司，以参谋军事领之，职能与军事参谋部等同，负责贯彻及执行都指挥使及军指挥使的命令及指示。
在加强军一级部队作战指挥能力的同时，也实际避免了指挥使一级的重要将领私设幕僚窃取军队的可能；为行营及军一级的大将轮调制做好铺垫，不会使军队因为主将的轮调而大幅削弱指挥作战的能力。
军事参谋部下辖禁营军（都指挥使赵虎）、靖江水师（都指挥使葛存雄）、南阳行营（长山军都指挥使敖沧海）、荆州行营（崇城军都指挥使周周）、东南水师（都指挥使赵青山兼制闽东行营军）、寿州行营（凤离军都指挥使宁则臣）及徐州行营（淮阳军都指挥使刘妙贞）、济州行营（原海东行营军都指挥使马一轼）、靖海水师（都指挥使葛存信）及骑营第一镇师都指挥使周普、第二镇师都指挥使李良、第三镇师都指挥使孙壮、登海镇师制军陈渍……
又正式改编战训学堂，在江宁成立陆军（即马步军）高级指挥学堂的同时，并在崇州、江夏、徐州、明州及晋安、江宁另设六所陆军初级指挥学堂；另设水师指挥学堂――以曹子昂代替林缚出任陆军高级指挥学堂及水师指挥学堂的山长。
林缚在架空政事堂的同时，并没有彻底架空中枢六部的意思。
林缚使林续文以副相继续执掌户部控制各府县纳入中枢的田赋丁税的同时；余心源辞去相位，使胡文穆进入政事堂兼领刑部；又使左承幕兼领都察院。
用左承幕兼领都察院，并在地方保留按察使、检校御史以监察地方吏治，多以旧臣充之。既是为了缓解与中间势力官员的关系，也是使都察院独于崇公国府及枢密院体系之外，有意利用旧臣节制新臣，避免淮东一系的官员在执握地方大权之后过于得意忘形了。