在很久很久以前，银河系曾经是生命联盟人类世界与刺族战争的最前沿。
为了争夺这片辽阔的星系，双方之间爆发了无数场惨烈的战斗，但最终却因为未知原因而导致整个星系的宇宙元气消散一空，不再具备任何价值。于是，战争的双方不约而同的放弃了这片星系，选择了撤军。而以一个星系为战场，作战双方的兵力都达到了万亿之多，再怎么有计划的撤离，也会有小部分因为种种原因被遗留下来。
亚特兰蒂斯号，一艘在战争中被击伤坠入某个无人星带的飞船，在经过数年的维修后终于再度升空，但船上的人们惊愕的发现，不论是自己人还是敌人，都已经消失的无影无踪。按照魂域广播的信息来看，大军都已经撤离，也就是说，他们被遗弃了。
一开始，他们还想着借助这艘飞船返回联盟。
但不论他们如何去努力，已经破损的蛙跳引擎始终难以恢复正常的状态。或许可以使用，但最多也就是跳跃两三个大星系的距离，那与联盟最近的殖民地也相距遥远。
船上的物资逐渐被消耗。
最后，他们不得不选择一处可供人类生存的星球，将飞船降落在星球的海洋之上。巨型的飞船仿佛一片大陆，海洋中的生物足以为他们提供生存必要的物资。
接下来需要考虑的，是该做什么。
有些人接受不了残酷的现实，选择结束了自己的生命。大部分人还在坚持着，他们相信，联盟是不会抛弃他们的，总有一天，会有飞船前来的。
时间，一天天的过去。
有些人觉得这样很无聊，他们开始利用飞船上的设备克隆出大量的人类，观察他们的生活，以供打发无聊的时间。但随着克隆人不断的繁衍，渐渐地飞船上已经无法再生存下去。同时，这些克隆人也被那些喜欢平静的船员们所厌恶，最终船员之间吵了一架后，愤怒的船长直接令飞船升空，将所有克隆人及他们的后代抛洒在大海之中。
飞船离开了地球，停泊在了临近的火星之上。
洒落在海洋中的人们艰难的挣扎着，无数人死去，但也有些人被那些抱有同情心的船员们所救，被送往星球的各个大陆，成为最原始的人类，拿着石头木棍，为了生存战斗着。
喜欢安静的船员，逐渐在火星的飞船中老朽死去。
制造出克隆人的那些船员，则选择在地球上，默默的观察着这些艰难求生的克隆人后代，偶尔也会为他们提供帮助。就这样，许多年以后，所有的船员最终都离开了人世，哪怕在强大的战士，也抵挡不住时间的威力。
克隆人的后代不断的发展，从原始社会进化到封建社会，经历了工业革命后，开始进入高速发展时期。终于，他们制造的简陋飞行器离开了地球，进入了太空，登陆了火星，并且发现了已经被灰尘掩埋的亚特兰蒂斯号。第一个登陆火星的美国人成功的进入飞船之中，带走了无数遗物，以及最为重要的飞船智能。其他国家随后也发现了飞船，并且进行了联合开发。