雨隐村。
这是一个终年下雨的村子，建筑都以钢铁为主，就像是一座座高塔，林立在大地上。在雨水汇聚的地面，布满了许多大型的管道和下水道，形成了一道独特的风景线。
不久前的雨隐村，发生了一件大事，但却极少有人知晓，那就是：
木叶忍者自来也潜入村子，想要刺探情报，结果被雨隐村统治者、晓组织首领长门，操纵着名为佩恩六道的傀儡杀死。
不过，自来也在临死之前，将用自己生命换来的佩恩六道的情报，以秘文的形式刻在了深作仙人的背上，让它送回了木叶。
在那之后，晓组织打算趁着木叶尚未来得及破译佩恩的秘密，大举攻入木叶村，捉拿九尾人柱力。
但是，在进攻木叶之前，晓组织在侦查敌情的过程中，却意外得到了一份机密的木叶情报。
根据那份机密情报的内容，佩恩六道倾巢出动，前往楼兰遗址，取得了龙脉。
之后，晓组织的首领长门、小南以及成员“阿飞”，利用龙脉之力，共同穿越到了另外一个平行世界。
没有人知道他们在那里经历了什么。
三人很快就结束了这次穿越之旅，回到雨隐村的高塔内，闭门不出，像是蛰伏了起来。
原本预定进攻木叶的计划，也就这么中途夭折了。
雨隐村，最高的一座高塔内。
一间空旷的大殿里，横放着六个一人多高的营养舱，每个舱体都连接着数根管道，源源不断地往其中输入营养液。
舱内，是长门使用从全忍界各地收集来的忍者尸体，制作的佩恩六道。
只不过，除了天道以外，其它的佩恩都是重新制作的，因为它们的上一代都陨落在那个平行世界了。
那个可怕的世界。
长门坐在轮椅上，默默注视着这些营养舱，神色恍惚，似乎又陷入了那段噩梦般的回忆。
这时，随着纸张飞舞的“哗啦”声，一个倩影从门外飘了进来。
“长门，我查过所有的资料和情报了，雾隐村以及水之国境内，历史上从未有过名为龟仙人的忍者。”
小南皱着眉头，一脸困惑地向长门汇报了这个消息。
“不用浪费时间去查了，小南。我猜测，龟仙人只是一种伪装，就像是我的佩恩六道一样，对方的真实身份，我们也许永远都不会知道了。”
长门叹了一口气，感慨道。
“真是太奇怪了。既然是平行世界，按理说应该和这边差不多，可为什么那里的忍者要强得多……”
小南喃喃自语了几句，随后又一脸担忧地向长门问道：